אחד הפרמטרים החשובים ביותר לבחירת מבנה לוגיסטי מתאים הוא המיקום.
מרכז הארץ הוא מרכז העסקים ולכן הביקוש בקרבו גבוה מאוד. כתוצאה מכך, המחירים של השכרת מחסנים לוגיסטיים עלולים להיות גבוהים יותר מאשר באזורים אחרים בארץ. לכן, יש כאלו שיעדיפו לשלם דמי שכירות או קנייה נמוכים יותר ויבחרו למקם את המחסן שלהם בפריפריות.
במידה ויש כאלו שבחרו למקם מחסן לוגיסטי באזור מרוחק יותר, בו דמי השכירות נמוכים יותר, הם יאלצו להיתקל בעלויות גבוהות על הובלה. זאת בגלל קוי האספקה הארוכים, דבר שיכלול: תשלום גבוה יותר על דלק, בלאי של משאיות, שעות נהיגה ארוכות וכו'. כל אלו הם דברים שיגרמו לעליית מחיר של המוצר עצמו - המאוחסן במחסן.
המיקומים הטובים במרכז למחסנים לוגיסטיים שאינם תל אביב ושהארנונה בהם יחסית לא גבוהה: איזור האיירפורט סיטי, שוהם, מודיעין ופתח תקווה.
חשוב לזכור דבר חשוב: ככל שמיקום המחסן יהיה נגיש תחבורתית ובמיקום נוח, נוכל לשכור כוח אדם שיוכל להגיע בנוחות ובעלויות נמוכות לעבודה במחסן וכך נוכל לחסוך בעלויות הובלה ולהשקיע אותן במשאבים אחרים כמו מכונות, מחשוב ורובוטיקה.